晓组织作为反派势力的代表，其成员虽各怀绝技却都存在明显弱点，了解这些弱点有助于在游戏中对战他们时制定有效策略。晓组织成员通常以二人小组行动，但整体上每个忍者都有独特的缺陷，比如查克拉不足、身体疾病或情感牵绊，这些弱点在战斗中容易被对手利用从而扭转战局。
宇智波鼬作为晓组织中的精英成员，其弱点主要集中在查克拉量不足和身体健康问题上，他的精神力数值较低导致持久战能力弱，同时长期使用写轮眼和背负心理压力使他患上绝症，在战斗中无法持续输出高伤害。他对弟弟的过度牵挂也会影响判断力，在关键时刻可能因情感因素而放弃最优战术选择。
蝎的弱点源于他对亲情的无法割舍，作为傀儡师他追求永恒之美却内心残留着对父母的思念，这使他在面对象征亲情的攻击时容易分心甚至自愿承受伤害。这种情感漏洞让蝎在团队战中可能无法全力发挥，对手可以通过心理干扰来降低他的战斗效率。
迪达拉的爆炸能力虽然强大，但弱点在于属性克制和幻术抗性差，他的土遁炸弹容易被雷遁忍术无效化，而写轮眼能看穿他的查克拉流动并施加幻术控制。迪达拉性格急躁，在战斗中容易因对手的挑衅而失误，这使他成为团队中的不稳定因素。
鬼鲛号称无尾尾兽，能吸收对手查克拉，但其弱点在于对抗纯体术忍者时能力失效，因为体术攻击不依赖查克拉，无法被他的吸收机制克制。鬼鲛在团队中若遇到擅长体术的对手，其优势便会大打折扣，需要依赖队友支援才能维持战力。
飞段拥有不死之身，看似无懈可击，实则智力低下是其最大弱点，公式书中他的智力数值远低于平均水平，导致他在战斗中经常因误判形势而自我削弱。飞段在团队协作中容易因冲动行为破坏整体战术，需要其他成员时刻引导以避免不必要的风险。
